Il Taccuino, chiamato informalmente anche Taccuino Paziente o Taccuino Personale, è uno spazio interattivo dedicato all'utente, dov'è possibile caricare documenti e referti utili alla storia clinica personale. È utile per mettere digitalmente a disposizione documenti che non sono presenti sul FSE perché, ad esempio, prodotti in altre regioni o fuori dal Sistema Sanitario Nazionale, oppure molto datati. Si può inoltre registrare parametri importanti per la salute e monitorarli nel tempo (es: peso, altezza, ossimetria, frequenza cardiaca, etc) e registrare i farmaci e le terapie farmacologiche e altre annotazioni come sintomi, ricorso a terapie riabilitative, cure alternative, viaggi all'estero, etc